Проверка системы

Обычно такая возможность в большинстве антивирусных программ предусмотрена. Как правило, где-нибудь в окне информации о текущем сканировании должна быть галочка с выключением компьютера по завершении сканирования. Или же непосредственно перед запуском сканирования необходимо установить соответствующую настройку. Применимо конкретно к Microsoft Security Essentials не могу сказать, где именно находится данная опция, поскольку не пользуюсь этим продуктом. Но подозреваю, что должно быть, как и во многих других антивирусных программах.

Это хорошо если антивирус после проверки ничего не найдёт. А если хоть 1 подозрительный файл? Кто даст команду что с ним делать программе?

Опять же, в настройках большинства популярных антивирусов есть возможность установить определённые действия для выполнения при обнаружении угрозы конкретного типа.