После установки версии на 64 бит выходит сообщение от licence manager, что отсутствует файл с действующей лицензией. Что с этим делать?

Это странно, так как программа Scilab распространяется совершенно бесплатно. На вашем месте я бы переустановила программу, с большой долей вероятности - это поможет решить проблему. Только для удаления Scilab настоятельно советую использовать программу Revo Uninstaller в продвинутом режиме, а после завершения обязательно перезагрузите компьютер.