При запуске компьютер пишет что в приложении есть вирусы. Доверять компьютеру или приложению?

Да, об этом писали в статье

Почти все кликеры определяются как опасное ПО, поскольку они ведут запись действий пользователя, что как бы недопустимо с точки зрения разработчиков антивирусов. Сама логика кликеров на этом построена.

То есть тут только можно рассчитывать на порядочность разработчика кликера, что он не встроит никаких шпионов, которые отслеживают действия в неактивном состоянии. Я вот этим пользовался https://soft.mydiv.net/win/download-BotMeK.html в играх обычно, разраб на связи, отвечает на вопросы в техподдержке.