Мейл.Ру Агент сам подключается

Опишите подробнее, когда у вас автоматически подключается Агент: сразу же после выхода из него, или же после перезагрузки компьютера он сам загружается?
Если после перезагрузки компьютера он загружается автоматически, то, скорее всего, он стоит у вас в автозагрузке. Для того чтобы запретить его автоматический запуск, вам нужно зайти в Мейл.Ру Агент, нажать на кнопку «Меню» и выбрать пункт «Настройки программы». В открывшемся окне настроек на вкладке «Общие» вам необходимо снять галочку около пункта «Запускать программу при включении компьютера».