19.06.2014 19:02
Необходимо больше информации о Вашем проекте. В этих частях видео используется одинакового качества, формата, разрешения? Какова общая длительность конечного видео? В каком формате сохраняете, при каких настройках качества? Можно для начала поиграться с этими параметрами. Также не будет лишним обновить кодеки K-Lite Codec Pack.
Есть ещё один момент: на время обработки видео попробуйте не давать компьютеру других задач. Если машина старая, или ихсодные файлы тяжёлые, проблемы могут возникать именно из-за производительности ПК.