07.02.2015 19:18
1.Вы уверены, что эта программа при конвертации сохраняет обе дорожки, а не оставляет ту что по умолчанию?
2.Эту задачу я бы выполнил в 2 приёма - сначала бы убрал из MKV ненужную дорожку с помощью mkvtoolnix, на это уходит несколько секунд, а затем бы конвертировал вашей программой.